本能寺って「本能寺の変」で焼け落ちたんじゃないんですか?
焼け落ちました。本能寺って２回移転して７回再建されているらしいです。
他の質問でも取り上げましたが、京都は戦乱のたびに各所に陣が構えられ、戦が行われました。敷地が広いということから寺社の境内に陣立てされたことも少なくなく、この軍勢が敗北すると寺社ごと焼き捨てされたりしたわけです。もっとも、寺院自らが武力を保持していた例もありますので、一概に被害者といえないこともまた事実なのです。
本能寺は、15世紀初頭に本門法華宗の大本山として、今の五条坊門あたりに建立されたといわれています。1530年頃までは、一向一揆に対抗する勢力として政治と結びつき、都での勢力を大きく伸ばしましたが、その後行きすぎた権力を振るうようになり、結びついたはずの政治や、他宗と武力衝突することになります。
結果比叡山の僧兵に多くの寺院を焼かれ、法華宗は都での力を失ってしまいました。この争いは「天文法華の乱」（1536年）といわれ、本能寺もこのときに焼失しています。
本能寺はその後、油小路蛸薬師に再建され、都での法華宗の中心地として再び活動を始めます。ですが、それから50年も経たない1582年、逗留中の織田信長を襲った明智光秀の軍勢により再び焼失してしまうことになります。現在この地には小学校があり、その名も本能小学校といいます。正門横及び裏手に、わずかに石碑が残されています。